Sektion for Mikrobiel Økologi og Bioteknologi forsker inden for områderne mikrobiologisk økologi, miljømikrobiologi og mikrobiel bioteknologi. Sektionen er vært for fire forskningsgrupper:

Forskningsgruppen i Miljømikrobiologi sigter mod at belyse, forstå og udnytte de grundlæggende interaktioner mellem mikroorganismer og deres miljø.

Forskningsgruppen Environmental Microbial Genomics bruger sekvensanalysebaseret information til at beskrive nøglearters genomer og deres udbredelse i mikrobielle samfund, herunder information om bakteriofager, og hvordan andre mobile genetiske elementer former mikrobiel evolution.

Forskningsgruppen Mikrobielle Interaktioner undersøger planteassocierede mikrobielle samfund, som udgør en vigtig ressource for plantevækstfremmende mikroorganismer.

Forskningsgruppen Plant Pathology and Microbiology samler ekspertise fra plantepatologi, plantemolekylærbiologi og mykologi.

Forskergrupper