Witold Piotr Kot
Tenure Track Adjunkt
Microbial Ecology and Biotechnology
Thorvaldsensvej 40
1871 Frederiksberg C
- Udgivet
A Humanized Diet Profile May Facilitate Colonization and Immune Stimulation in Human Microbiota-Colonized Mice
Moreno-Indias, I., Lundberg, R., Krych, Lukasz, Metzdorff, S. B., Kot, Witold, Sørensen, Dorte Bratbo, Nielsen, Dennis Sandris, Hansen, Camilla Hartmann Friis & Hansen, Axel Kornerup, 2020, I: Frontiers in Microbiology. 11, 15 s., 1336.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A New High-Throughput Screening Method for Phages: Enabling Crude Isolation and Fast Identification of Diverse Phages with Therapeutic Potential
Olsen, N. S., Hendriksen, N. B., Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2020, I: PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 1, 3, s. 137-148Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Rare, Virulent Clostridium perfringens Bacteriophage Susfortuna Is the First Isolated Bacteriophage in a New Viral Genus
Pedersen, Julie Stenberg, Kot, Witold, Plöger, M., Lametsch, Rene, Neve, H., Franz, C. M. A. P. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 1, 4, s. 230-236 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel Queuovirinae lineage of Pseudomonas aeruginosa phages encode dPreQ0 DNA modifications with a single GA motif that provide restriction and CRISPR Cas9 protection in vitro
Olsen, Nikoline S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Cui, L., Dedon, P., Neve, H., Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, 16, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel six-phage cocktail reduces Pectobacterium atrosepticum soft rot infection in potato tubers under simulated storage conditions
Carstens, Alexander Byth, Djurhuus, Amaru Miranda, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 1 maj 2019, I: FEMS Microbiology Letters. 366, 9, s. 1-8 fnz101.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Administration of bovine milk oligosaccharide to weaning gnotobiotic mice inoculated with a simplified infant type microbiota
Jakobsen, L. M. A., Sundekilde, U. K., Andersen, H. J., Kot, Witold, Mejia, J. L. C., Nielsen, Dennis Sandris, Hansen, Axel Kornerup & Bertram, H. C., 2021, I: Microorganisms. 9, 5, 1003.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An Oligosaccharide Rich Diet Increases Akkermansia spp. Bacteria in the Equine Microbiota
Lindenberg, F. C., Lützhøft, Ditte Olsen, Krych, Lukasz, Fielden, J., Kot, Witold, Frøkiær, Hanne, van Galen, G., Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2021, I: Frontiers in Microbiology. 12, 666039.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An improved direct metamobilome approach increases the detection of larger-sized circular elements across kingdoms
Alanin, K. W. S., Jørgensen, T. S., Browne, Patrick Denis, Petersen, Bent, Riber, Leise, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Plasmid. 115, 11 s., 102576.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Bacteriophages of Leuconostoc, Oenococcus, and Weissella
Kot, Witold, Neve, H., Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2014, I: Frontiers in Microbiology. 5, s. 1-9 9 s., 186.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPR-Cas provides limited phage immunity to a prevalent gut bacterium in gnotobiotic mice
Rasmussen, Torben Sølbeck, Koefoed, A. K., Deng, Ling, Muhammed, Musemma Kedir, Rousseau, G. M., Kot, Witold, Sprotte, S., Neve, H., Franz, C. M. A. P., Hansen, Axel Kornerup, Vogensen, Finn Kvist, Moineau, S. & Nielsen, Dennis Sandris, 2023, I: ISME Journal. 17, s. 432–442Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterization of the Vaginal DNA Virome in Health and Dysbiosis
Jakobsen, Rasmus Riemer, Haahr, T., Humaidan, P., Jensen, J. S., Kot, Witold, Castro-Mejia, J. L., Deng, Ling, Leser, T. D. & Nielsen, Dennis Sandris, 2020, I: Viruses. 12, 10, 13 s., 1143.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Classification of lytic bacteriophages attacking dairy Leuconostoc starter strains
Ali, Y., Kot, Witold, Atamer, Z., Hinrichs, J., Vogensen, Finn Kvist, Heller, K. J. & Neve, H., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 12, s. 3628-3636 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combined use of Bacteriophage K and a novel Bacteriophage to reduce Staphylococcus aureus biofilm formation
Alves, D. R., Gaudion, A., Bean, J. E., Esteban, P. P., Arnot, T. C., Harper, D. R., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Enright, M. C. & Jenkins, A. T. A., 2014, I: Applied and Environmental Microbiology. 80, 21, s. 6694-6703 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Genome Sequences of Three Lactiplantibacillus plantarum Strains Isolated from Traditional Iranian Raw Milk Motal Cheese
Fatemizadeh, S. S., Krych, Lukasz, Castro-Mejía, J. L., Stefanova, Denitsa Vladimirova, Kot, Witold, Najafi, M. B. H. & Nielsen, Dennis Sandris, 2023, I: Microbiology Resource Announcements. 12, 1, 3 s., e0047922.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete genome sequences of four novel Lactococcus lactis phages distantly related to the Rare 1706 Phage Species
Kot, Witold, Neve, H., Vogensen, Finn Kvist, Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: Genome Announcements. 2, 4, 2 s., e00265-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DPS - a rapid method for genome sequencing of DNA-containing bacteriophages directly from a single plaque
Kot, Witold, Vogensen, Finn Kvist, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2014, I: Journal of Virological Methods. 196, s. 152-156 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Degradation of mecoprop in polluted landfill leachate and waste water in a moving bed biofilm reactor
Escolà Casas, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Johansen, A. & Bester, K., 2017, I: Water Research. 121, s. 213-220Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of nucleotide modifications in bacteria and bacteriophages: Strengths and limitations of current technologies and software
Nielsen, Tue Kjærgaard, Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold, Moineau, S., Hansen, Lars Hestbjerg & Riber, Leise, 2023, I: Molecular Ecology. 32, 6, s. 1236-1247 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of preQ0 deazaguanine modifications in bacteriophage CAjan DNA using Nanopore sequencing reveals same hypermodification at two distinct DNA motifs
Kot, Witold, Olsen, Nikoline S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hutinet, G., de Crecy-Lagard, V., Cui, L., Dedon, P. C., Carstens, Alexander Byth, Moineau, S., Swairjo, M. A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: Nucleic Acids Symposium Series. 48, 18, s. 10383-10396 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Development of the equine gut microbiota
Lindenberg, F., Krych, Lukasz, Kot, Witold, Fielden, J., Frøkiær, Hanne, van Galen, G., Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2019, I: Scientific Reports. 9, 1, 9 s., 14427.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Donor-dependent fecal microbiota transplantation efficacy against necrotizing enterocolitis in preterm pigs
Hui, Y., Vestergaard, G., Deng, Ling, Kot, Witold, Thymann, Thomas, Brunse, Anders & Nielsen, Dennis Sandris, 2022, I: npj Biofilms and Microbiomes. 8, 1, 12 s., 48.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequence of MCPA-degrading Sphingomonas sp. strain ERG5, isolated from a groundwater aquifer in Denmark
Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Sørensen, S. R. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Genome Announcements. 3, 1, 2 s., e01529-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enterococcus phage Nonaheksakonda infecting clinical isolates of Enterococcus faecalis represents a new lineage in the family Siphoviridae
Olsen, Nikoline S., Nielsen, K. J., Plöger, M., Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Archives of Virology. 166, s. 593-599 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Expanding the Diversity of Myoviridae Phages Infecting Lactobacillus plantarum - A Novel Lineage of Lactobacillus Phages Comprising Five New Members
Kyrkou, I., Carstens, Alexander Byth, Ellegaard-Jensen, L., Kot, Witold, Zervas, A., Djurhuus, Amaru Miranda, Neve, H., Hansen, M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2019, I: Viruses. 11, 7, 20 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploring the Remarkable Diversity of Culturable Escherichia coli Phages in the Danish Wastewater Environment
Olsen, Nikoline S., Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: Viruses. 12, 9, 21 s., 986.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Expression of immune regulatory genes correlate with the abundance of specific Clostridiales and Verrucomicrobia species in the equine ileum and cecum
Lindenberg, F., Krych, Lukasz, Fielden, J., Kot, Witold, Frøkiær, Hanne, van Galen, G., Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2019, I: Scientific Reports. 9, 1, 10 s., 12674.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Faecal virome transplantation decreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model
Rasmussen, Torben Sølbeck, Mentzel, Caroline M. Junker, Kot, Witold, Castro-Mejiá, J. L., Zuffa, S., Swann, J. R., Hansen, Lars Hestbjerg, Vogensen, Finn Kvist, Hansen, Axel Kornerup & Nielsen, Dennis Sandris, 2020, I: Gut. 69, 12, s. 2122-2130 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fecal filtrate transplantation protects against necrotizing enterocolitis
Brunse, Anders, Deng, Ling, Pan, X., Hui, Y., Castro Mejia, J. L., Kot, Witold, Nguyen, Duc Ninh, Secher, Jan Bojsen-Møller, Nielsen, Dennis Sandris & Thymann, Thomas, 2022, I: The ISME Journal. 16, s. 686–694Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Four novel Curtobacterium phages isolated from environmental samples
Alanin, K. W. S., Olsen, Nikoline S., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Nielsen, Tue Kjærgaard, Rothgardt, M. M., Russel, A. M., Wagner, N., Lametsch, Rene, Bak, Frederik, Hennessy, Rosanna Catherine, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2023, I: Archives of Virology. 168, 3Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
From Alpha Diversity to Zzz: Interactions among sleep, the brain, and gut microbiota in the first year of life
Schoch, S. F., Castro-Mejía, J. L., Krych, Lukasz, Leng, B., Kot, Witold, Kohler, M., Huber, R., Rogler, G., Biedermann, L., Walser, J. C., Nielsen, Dennis Sandris & Kurth, S., 2022, I: Progress in Neurobiology. 209, 11 s., 102208.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GC bias affects genomic and metagenomic reconstructions, underrepresenting GC-poor organisms
Browne, Patrick Denis, Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Aggerholm, A., Gilbert, M Thomas P, Puetz, Lara Christine, Rasmussen, M., Zervas, A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: GigaScience. 9, 2, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic rearrangements in Pseudomonas amygdali pathovar aesculi shape coronatine plasmids
Nielsen, Tue Kjærgaard, Winther-Have, Caroline Sophie W, Thomsen, Iben Margrete, Jackson, R. W., Rabiey, M., Hennessy, Rosanna Catherine, Bak, Frederik, Kot, Witold, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Carstens, Alexander Byth & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: Infection, Genetics and Evolution. 113, 10 s., 105486.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris strain T26, isolated from mesophilic undefined cheese starter
Pedersen, T. B., Kot, Witold, Hansen, L. H., Sørensen, Søren Johannes, Broadbent, J. R., Vogensen, Finn Kvist & Ardö, Ylva Margareta, 2014, I: Genome Announcements. 2, 3, 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequences of two Leuconostoc pseudomesenteroides strains isolated from Danish dairy starter cultures
Pedersen, T. B., Kot, Witold, Hansen, L. H., Sørensen, Søren Johannes, Broadbent, J. R., Vogensen, Finn Kvist & Ardö, Ylva Margareta, 2014, I: Genome Announcements. 2, 3, s. 2 e00484-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic and Ecogenomic Characterization of Proteus mirabilis Bacteriophages
Alves, D. R., Nzakizwanayo, J., Dedi, C., Olympiou, C., Hanin, A., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Lametsch, Rene, Gahan, C. G. M., Schellenberger, P., Ogilvie, L. A. & Jones, B. V., 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, s. 1-14 1783.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gut and immune effects of bioactive milk factors in preterm pigs exposed to prenatal inflammation
Ren, S., Hui, Y., Goericke-Pesch, S., Pankratova, Stanislava, Kot, Witold, Pan, X., Thymann, Thomas, Sangild, Per Torp & Nguyen, Duc Ninh, 2019, I: American Journal of Physiology: Gastrointestinal and Liver Physiology. 317, 1, s. G67-G77Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High throughput in vitro characterization of pectins for pig(let) nutrition
Wiese, M., Hui, Y., Holck, J., Sejberg, J. J. P., Daures, C., Maas, E., Kot, Witold, Borne, J. M., Khakimov, Bekzod, Thymann, Thomas & Nielsen, Dennis Sandris, 2021, I: BMC Animal Microbiome. 3, 15 s., 69.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Housing temperature influences exercise training adaptations in mice
Raun, Steffen Henning, Henriquez-Olguín, Carlos, Karavaeva, Iuliia, Ali, Mona Sadek, Møller, Lisbeth L V, Kot, Witold, Castro-Mejía, J. L., Nielsen, Dennis Sandris, Gerhart-Hines, Zach, Richter, Erik A. & Sylow, Lykke, 2020, I: Nature Communications. 11, 16 s., 1560.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of the receptor-binding protein in lytic Leuconostoc pseudomesenteroides bacteriophages
Kot, Witold, Hammer, K., Neve, H. & Vogensen, Finn Kvist, 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 10, s. 3311-3314 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impact of phages on soil bacterial communities and nitrogen availability under different assembly scenarios
Braga, L. P. P., Spor, A., Kot, Witold, Breuil, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Setubal, J. C. & Philippot, L., 2020, I: Microbiome. 8, 1, 14 s., 52.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impaired skeletal muscle hypertrophy signaling and amino acid deprivation response in Apoe knockout mice with an unhealthy lipoprotein distribution
Agergaard, J., Zillmer, M. C. F., Castro-Mejía, J. L., Mertz, K., Kot, Witold, Højfeldt, Grith Stougaard, van Hall, Gerrit, Nielsen, Dennis Sandris, Schjerling, Peter & Holm, Lars Morten, 2021, I: Scientific Reports. 11, 15 s., 16423.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Influence Of Flow-Rate, Surface Soiling And Pre-Exposure To Sub-Lethal Stress On Initial Attachment Of Listeria monocytogenes On Solid Surfaces Under Liquid Flow
Szlavik, J., Soares Paiva, D., Kot, Witold & Nielsen, Dennis Sandris, aug. 2010, 22nd International ICFMH Symposium Food Micro 2010. Copenhagen, 1 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning
- Udgivet
Insights into the circular: The cryptic plasmidome and its derived antibiotic resistome in the urban water systems
Yu, Z., He, Wanli, Klincke, F., Madsen, Jonas Stenløkke, Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Quintela-Baluja, M., Balboa, S., Dechesne, A., Smets, B., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2024, I: Environment International. 183, 12 s., 108351.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Inter-vendor variance of enteric eukaryotic DNA viruses in specific pathogen free C57BL/6N mice
Rasmussen, Torben Sølbeck, Jakobsen, Rasmus Riemer, Castro-Mejía, J. L., Kot, Witold, Thomsen, Allan Randrup, Vogensen, Finn Kvist, Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2021, I: Research in Veterinary Science. 136, s. 1-5 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigation of the bacteriophage community in induced lysates of undefined mesophilic mixed-strain DL-cultures using classical and metagenomic approaches
Muhammed, Musemma Kedir, Olsen, M. L., Kot, Witold, Neve, H., Castro Mejia, J. L., Janzen, T., Hansen, L. H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2018, I: International Journal of Food Microbiology. 272, s. 61-72 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigation of the relationship between lactococcal host cell wall polysaccharide genotype and 936 phage receptor binding protein phylogeny
Mahony, J., Kot, Witold, Murphy, J., Ainsworth, S., Neve, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes, Hammer, K., Cambillau, C., Vogensen, Finn Kvist & Sinderen, D. V., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 14, s. 4385-4392 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Isolation and characterisation of novel phages infecting Lactobacillus plantarum and proposal of a new genus, "Silenusvirus"
Kyrkou, I., Carstens, Alexander Byth, Ellegaard-Jensen, L., Kot, Witold, Zervas, A., Djurhuus, Amaru Miranda, Neve, H., Franz, C. M. A. P., Hansen, M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, 10 s., 8763.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Marked gut microbiota dysbiosis and increased imidazole propionate are associated with a NASH Göttingen Minipig model
Lützhøft, Ditte Olsen, Sinioja, T., Christoffersen, B., Jakobsen, Rasmus Riemer, Geng, Dawei, Ahmad, H. F. B., Straarup, E. M., Pedersen, K. M., Kot, Witold, Pedersen, H. D., Cirera, Susanna, Hyötyläinen, T., Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2022, I: BMC Microbiology. 22, 1, 287.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Maturation of sleep-gut microbiome dynamics in infancy and links to behavioral development
Kurth, S., Schoch, S., Castro-Mejia, J., Krych, Lukasz, Leng, B., Kot, Witold, Kohler, M., Huber, R., Rogler, G., Biedermann, L., Walser, J. & Nielsen, D., 2022, I: Journal of Sleep Research. 31, S1, s. 93-94 2 s., O194/P949.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic analysis of a keratin-degrading bacterial consortium provides insight into the keratinolytic mechanisms
Kang, D., Huang, Y., Nesme, Joseph, Herschend, J., Jacquiod, S., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Lange, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: Science of the Total Environment. 761, 9 s., 143281.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic analysis of dairy bacteriophages: extraction method and pilot study on whey samples derived from using undefined and defined mesophilic starter cultures
Muhammed, Musemma Kedir, Kot, Witold, Neve, H., Mahony, J., Castro Mejia, J. L., Krych, Lukasz, Hansen, L. H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J., van Sinderen, D. & Vogensen, Finn Kvist, 2017, I: Applied and Environmental Microbiology. 83, 19, 15 s., e00888-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metaviromes Reveal the Dynamics of Pseudomonas Host-Specific Phages Cultured and Uncultured by Plaque Assay
Alanin, K. W. S., Forero Junco, Laura Milena, Jørgensen, J. B., Nielsen, Tue Kjærgaard, Rasmussen, Morten Arendt, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Viruses. 13, 6, 21 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mouse vendor influence on the bacterial and viral gut composition exceeds the effect of diet
Rasmussen, Torben Sølbeck, de Vries, L., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Castro-Mejía, J. L., Vogensen, Finn Kvist, Hansen, Axel Kornerup & Nielsen, Dennis Sandris, 2019, I: Viruses. 11, 5, 15 s., 435.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel virocell metabolic potential revealed in agricultural soils by virus-enriched soil metagenome analysis
Braga, L. P. P., Coutinho, F. H., Amgarten, D. E., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Setubal, J. C. & Philippot, L., 2021, I: Environmental Microbiology Reports. 13, 3, s. 348-354 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimizing protocols for extraction of bacteriophages prior to metagenomic analyses of phage communities in the human gut
Castro Mejia, J. L., Muhammed, Musemma Kedir, Kot, Witold, Neve, H., Franz, C. M. A. P., Hansen, L. H., Vogensen, Finn Kvist & Nielsen, Dennis Sandris, 2015, I: Microbiome. 3, 14 s., 64.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Parasite-Probiotic Interactions in the Gut: Bacillus sp. and Enterococcus faecium Regulate Type-2 Inflammatory Responses and Modify the Gut Microbiota of Pigs During Helminth Infection
Myhill, L. J., Stolzenbach, S., Mejer, Helena, Krych, Lukasz, Jakobsen, S. R., Kot, Witold, Skovgaard, K., Canibe, N., Nejsum, P., Nielsen, Dennis Sandris, Thamsborg, Stig Milan & Williams, Andrew Richard, 2022, I: Frontiers in Immunology. 12, 793260.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Partial substitution of meat with insect (Alphitobius diaperinus) in a carnivore diet changes the gut microbiome and metabolome of healthy rats
Lanng, S. K., Zhang, Yichang, Christensen, K. R., Hansen, Axel Kornerup, Nielsen, Dennis Sandris, Kot, Witold & Bertram, H. C., 2021, I: Foods. 10, 8, 14 s., 1814.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pectobacterium Phage Jarilo Displays Broad Host Range and Represents a Novel Genus of Bacteriophages Within the Family Autographiviridae
Pedersen, Julie Stenberg, Carstens, Alexander Byth, Djurhuus, Amaru Miranda, Kot, Witold, Neve, H. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 1, 4, s. 237-244 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phage-host interaction in Lactococcus and Leuconostoc
Kot, Witold, 2012, Department of Food Science, University of Copenhagen. 187 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning
- Udgivet
Physical fitness in community-dwelling older adults is linked to dietary intake, gut microbiota, and metabolomic signatures
Castro-Mejia, J. L., Khakimov, B., Krych, L., Bülow, J., Bechshøft, R. L., Højfeldt, G., Mertz, K. H., Garne, E. S., Schacht, S. R., Ahmad, H. F., Kot, W., Hansen, L. H., Perez-Cueto, F. J. A., Lind, M. V., Lassen, A. J., Tetens, I., Jensen, T., Reitelseder, S., Jespersen, A. P., Holm, L. & 2 flere, , 2020, I: Aging Cell. 19, 3, 13 s., e13105.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Presentation of Three Novel Tailed Phages Targeting Multiple Strains of Pseudomonas syringae
Jørgensen, J. B., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Kot, Witold, Neve, H., Morris, C. E. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 1, 4, s. 245-250 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pretreatment Prevotella-to-Bacteroides ratio and salivary amylase gene copy number as prognostic markers for dietary weight loss
Hjorth, Mads Fiil, Christensen, Lars, Larsen, T. M., Roager, Henrik Munch, Krych, Lukasz, Kot, Witold, Nielsen, Dennis Sandris, Ritz, C. & Astrup, A., 2020, I: American Journal of Clinical Nutrition. 111, 5, s. 1079-1086 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Restitution of gut microbiota in Ugandan children administered with probiotics (Lactobacillus rhamnosus GG and Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12) during treatment for severe acute malnutrition
Castro-Mejía, J. L., O’Ferrall, S., Krych, Lukasz, O’Mahony, E., Namusoke, H., Lanyero, B., Kot, Witold, Nabukeera-Barungi, N., Michaelsen, Kim F., Mølgaard, Christian, Friis, Henrik, Grenov, Benedikte & Nielsen, Dennis Sandris, 2020, I: Gut Microbes. 11, 4, s. 855-867 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Salmonella phage akira, infecting selected Salmonella enterica Enteritidis and Typhimurium strains, represents a new lineage of bacteriophages
Olsen, Nikoline S., Lametsch, Rene, Wagner, N., Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2022, I: Archives of Virology. 167, s. 2049–2056Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2011. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Jacobsen, S., Pedersen, P. D., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2014, I: International Journal of Food Microbiology. 176, s. 29-37 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Lactococcus lactis c2 dairy bacteriphages with different thermal inactivation
Vogensen, Finn Kvist, Nielsen, C. L. M., Bashir, A., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes & Knoechel, Susanne, aug. 2011.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Short communication: Gut microbial colonization of the mouse colon using faecal transfer was equally effective when comparing rectal inoculation and oral inoculation based on 16S rRNA sequencing
Lützhøft, Ditte Olsen, Sánchez-Alcoholado, L., Tougaard, P., Mentzel, Caroline M. Junker, Kot, Witold, Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2019, I: Research in Veterinary Science. 126, s. 227-232 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Subclinical necrotizing enterocolitis-induced systemic immune suppression in neonatal preterm pigs
Ren, S., Pan, X., Hui, Y., Kot, Witold, Gao, Fei, Sangild, Per Torp & Nguyen, Duc Ninh, 2021, I: American Journal of Physiology - Gastrointestinal and Liver Physiology. 321, 1, s. G18-G28Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Supplementation of a lacto-fermented rapeseed-seaweed blend promotes gut microbial- and gut immune-modulation in weaner piglets
Hui, Y., Tamez-Hidalgo, P., Cieplak, T., Satessa, G. D., Kot, Witold, Kjærulff, S., Nielsen, M. O., Nielsen, Dennis Sandris & Krych, Lukasz, 2021, I: Journal of Animal Science and Biotechnology. 12, 14 s., 85.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Mobilome: Metagenomic Analysis of Circular Plasmids, Viruses, and Other Extrachromosomal Elements
Browne, Patrick Denis, Kot, Witold, Jørgensen, T. S. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, Horizontal Gene Transfer: Methods and Protocols. Cruz, F. D. L. (red.). Humana Press, s. 253-264 (Methods in Molecular Biology, Bind 2075).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The first characterized phage against a member of the ecologically important sphingomonads reveals high dissimilarity against all other known phages
Nielsen, Tue Kjærgaard, Carstens, A. B., Browne, P., Lametsch, Rene, Neve, H., Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, I: Scientific Reports. 7, 10 s., 13566.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses
Zhai, Xichuan, Castro-Mejía, J. L., Gobbi, Alex, Aslampaloglou, A., Kot, Witold, Nielsen, Dennis Sandris & Deng, Ling, 2023, I: Microbiome. 11, 12 s., 193.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The phytonutrient cinnamaldehyde limits intestinal inflammation and enteric parasite infection
Zhu, L., Andersen-Civil, A. I. S., Myhill, L. J., Thamsborg, Stig Milan, Kot, Witold, Krych, Lukasz, Nielsen, Dennis Sandris, Blanchard, A. & Williams, Andrew Richard, 2022, I: Journal of Nutritional Biochemistry. 100, 10 s., 108887.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Three novel Erwinia billingiae phages isolated from organic waste represent three new genera
Alanin, K. W. S., Olsen, Nikoline S., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Nielsen, Tue Kjærgaard, Wagner, N., Lametsch, Rene, Bak, Frederik, Hennessy, Rosanna Catherine, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: Archives of Virology. 168, 7 s., 71.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Two New Dickeya dadantii Phages with Odd Growth Patterns Expand the Diversity of Phages Infecting Soft Rot Pectobacteriaceae
Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Neve, H., Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 1, 4, s. 251-259 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Two novel bacteriophage genera from a groundwater reservoir highlight subsurface environments as underexplored biotopes in bacteriophage ecology
Hylling, O., Carstens, Alexander Byth, Kot, Witold, Hansen, M., Neve, H., Franz, C. M. A. P., Johansen, A., Ellegaard-Jensen, L. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Type 3 fimbriae encoded on plasmids are expressed from a unique promoter without affecting host motility, facilitating an exceptional phenotype that enhances conjugal plasmid transfer
Madsen, Jonas Stenløkke, Riber, Leise, Kot, Witold, Basfeld, A., Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: P L o S One. 11, 9, 19 s., e0162390.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Used Nasogastric Feeding Tubes from Neonates Contain Infant-Specific Bacterial Profiles
Meinich Juhl, S., Angeliki Krogfelt, K., Kot, Witold, Nielsen, Dennis Sandris & Krych, Lukasz, 2023, I: Microorganisms. 11, 6, 11 s., 1365.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Widespread and largely unknown prophage activity, diversity, and function in two genera of wheat phyllosphere bacteria
Dougherty, Peter Erdmann, Nielsen, Tue Kjærgaard, Riber, Leise, Lading, H. H., Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold, Raaijmakers, J. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: ISME Journal. 17, 12, s. 2415-2425Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 15105675
Flest downloads
-
3026
downloads
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
Udgivet -
1776
downloads
Bacteriophages of Leuconostoc, Oenococcus, and Weissella
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1279
downloads
Genome sequence of Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris strain T26, isolated from mesophilic undefined cheese starter
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet