Tue Kjærgaard Nielsen

Tue Kjærgaard Nielsen

Tenure Track Adjunkt

ORCID: 0000-0001-6610-8450

Udgivelsesår:
Alle
1 - 43 ud af 43Pr. side: 50
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2023
  2. Udgivet

    A novel Queuovirinae lineage of Pseudomonas aeruginosa phages encode dPreQ0 DNA modifications with a single GA motif that provide restriction and CRISPR Cas9 protection in vitro

    Olsen, Nikoline S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Cui, L., Dedon, P., Neve, H., Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, 16, 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Complete Genome Sequence of Sphingopyxis sp. Strain PET50, a Potential Polyethylene Terephthalate (PET)-Degrading Bacterium Isolated from Compost

    Lago-Maciel, A., Nielsen, Tue Kjærgaard, Jensen, K., Nicolaisen, Mette Haubjerg & Hennessy, Rosanna Catherine, 2023, I: Microbiology Resource Announcements. 12, 1, 2 s., e0097022.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  4. Udgivet

    Detection of nucleotide modifications in bacteria and bacteriophages: Strengths and limitations of current technologies and software

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold, Moineau, S., Hansen, Lars Hestbjerg & Riber, Leise, 2023, I: Molecular Ecology. 32, 6, s. 1236-1247 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    Draft Genome Sequences of Phytase Active Endophytic and Epiphytic Erwinia gerundensis Isolated from Wheat (Triticum aestivum) Seeds

    Sølve, Jonathan, Nielsen, Tue Kjærgaard, Nicolaisen, Mette Haubjerg & Bak, Frederik, 2023, I: Microbiology Resource Announcements. 12, 1, 3 s., e0107322.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Four novel Curtobacterium phages isolated from environmental samples

    Alanin, K. W. S., Olsen, Nikoline S., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Nielsen, Tue Kjærgaard, Rothgardt, M. M., Russel, A. M., Wagner, N., Lametsch, Rene, Bak, Frederik, Hennessy, Rosanna Catherine, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2023, I: Archives of Virology. 168, 3

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    Genetic rearrangements in Pseudomonas amygdali pathovar aesculi shape coronatine plasmids

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Winther-Have, Caroline Sophie W, Thomsen, Iben Margrete, Jackson, R. W., Rabiey, M., Hennessy, Rosanna Catherine, Bak, Frederik, Kot, Witold, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Carstens, Alexander Byth & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: Infection, Genetics and Evolution. 113, 10 s., 105486.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    Intestinal epigenotype of Atlantic salmon (Salmo salar) associates with tenacibaculosis and gut microbiota composition

    Hansen, Søren Blikdal, Bozzi, D., Mak, Sarah Siu Tze, Clausen, C. G., Nielsen, Tue Kjærgaard, Kodama, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Gilbert, M Thomas P & Limborg, Morten Tønsberg, 2023, I: Genomics. 115, 3, 9 s., 110629.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    Three novel Erwinia billingiae phages isolated from organic waste represent three new genera

    Alanin, K. W. S., Olsen, Nikoline S., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Nielsen, Tue Kjærgaard, Wagner, N., Lametsch, Rene, Bak, Frederik, Hennessy, Rosanna Catherine, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: Archives of Virology. 168, 7 s., 71.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    Widespread and largely unknown prophage activity, diversity, and function in two genera of wheat phyllosphere bacteria

    Dougherty, Peter Erdmann, Nielsen, Tue Kjærgaard, Riber, Leise, Lading, H. H., Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold, Raaijmakers, J. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: ISME Journal. 17, 12, s. 2415-2425

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. 2022
  12. Udgivet

    Antibiotic resistance genes are differentially mobilized according to resistance mechanism

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Browne, Patrick Denis & Hansen, Lars Hestbjerg, 2022, I: GigaScience. 11, 17 s., giac072.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    Complete Genome Sequence and Benzophenone-3 Mineralisation Potential of Rhodococcus sp. USK10, A Bacterium Isolated from Riverbank Sediment

    Martin, J. D., Krüger, U. S., Zervas, A., Schostag, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Aamand, J., Hansen, Lars Hestbjerg & Ellegaard-Jensen, L., 2022, I: Applied Microbiology. 2, s. 104-112 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    Muskoxen homogenise soil microbial communities and affect the abundance of methanogens and methanotrophs

    Aggerbeck, M. R., Nielsen, Tue Kjærgaard, Mosbacher, J. B., Schmidt, N. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2022, I: Science of the Total Environment. 827, 9 s., 153877.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    The Bacillus cereus Strain EC9 Primes the Plant Immune System for Superior Biocontrol of Fusarium oxysporum

    Madriz Ordenana, Kenneth, Pazarlar, S., Jørgensen, Hans Jørgen Lyngs, Nielsen, Tue Kjærgaard, Zhang, Y., Nielsen, K. L., Hansen, Lars Hestbjerg & Thordal-Christensen, Hans, 2022, I: Plants. 11, 5, 19 s., 687.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. 2021
  17. Udgivet

    A non-antifungal rhizobacterium stimulates plant immunity to protect tomato and Kalanchoe against Fusarium oxysporum and wheat against Zymoseptoria tritici

    Madriz Ordenana, Kenneth, Pazarlar, Sercan, Jørgensen, Hans Jørgen Lyngs, Nielsen, Tue Kjærgaard, Nielsen, K. L., Zhang, Y. & Thordal-Christensen, Hans, 2021. 1 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

  18. Udgivet

    Complete Genome Sequence of Paenibacillus sp. Strain 37, a Plant Growth-Promoting Bacterium Isolated from the Rhizosphere of Abies nordmanniana (Nordmann Fir)

    Garcia-Lemos, A. M., Hennessy, Rosanna Catherine, Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg & Nicolaisen, Mette Haubjerg, 2021, I: Microbiology Resource Announcements. 10, 8, 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Complete Genome Sequence of a Novel Dyadobacter sp. Strain, NIV53, Isolated from 2-Meter Deep Subsurface Sediment

    Bak, Frederik, Henriksen, Alexander Pil, Nielsen, Tue Kjærgaard & Nicolaisen, Mette Haubjerg, 2021, I: Microbiology resource announcements. 10, 44, 2 s., e0075421.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Complete Genome Sequence of the Cytokinin-Producing Biocontrol Strain Pseudomonas fluorescens G20-18

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Mekureyaw, M. F., Hansen, Lars Hestbjerg, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Roitsch, Thomas Georg & Hennessy, Rosanna Catherine, 2021, I: Microbiology Resource Announcements. 10, 30, 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Metaviromes Reveal the Dynamics of Pseudomonas Host-Specific Phages Cultured and Uncultured by Plaque Assay

    Alanin, K. W. S., Forero Junco, Laura Milena, Jørgensen, J. B., Nielsen, Tue Kjærgaard, Rasmussen, Morten Arendt, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Viruses. 13, 6, 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    The complete genome of 2,6-dichlorobenzamide (BAM) degrader Aminobacter sp. MSH1 suggests a polyploid chromosome, phylogenetic reassignment, and functions of plasmids

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Horemans, B., Lood, C., T’Syen, J., van Noort, V., Lavigne, R., Ellegaard-Jensen, L., Hylling, Ole, Aamand, J., Springael, D. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Scientific Reports. 11, 12 s., 18943.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. 2020
  24. Udgivet

    Bone biodeterioration - The effect of marine and terrestrial depositional environments on early diagenesis and bone bacterial community

    Eriksen, A. M. H., Nielsen, Tue Kjærgaard, Matthiesen, H., Carøe, C., Hansen, Lars Hestbjerg, Gregory, D. J., Turner-Walker, G., Collins, Matthew James & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: PLoS ONE. 15, 10 October, 24 s., e0240512.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Detection of preQ0 deazaguanine modifications in bacteriophage CAjan DNA using Nanopore sequencing reveals same hypermodification at two distinct DNA motifs

    Kot, Witold, Olsen, Nikoline S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hutinet, G., de Crecy-Lagard, V., Cui, L., Dedon, P. C., Carstens, Alexander Byth, Moineau, S., Swairjo, M. A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: Nucleic Acids Symposium Series. 48, 18, s. 10383-10396 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Udgivet

    GC bias affects genomic and metagenomic reconstructions, underrepresenting GC-poor organisms

    Browne, Patrick Denis, Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Aggerholm, A., Gilbert, M Thomas P, Puetz, Lara Christine, Rasmussen, M., Zervas, A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: GigaScience. 9, 2, 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  27. Land use as a driver for protist community structure in soils under agricultural use across Europe

    Santos, S. S., Schöler, A., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg, Schloter, M. & Winding, A., 2020, I: Science of the Total Environment. 717, 137228.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  28. Udgivet

    Metagenomic analysis of planktonic riverine microbial consortia using nanopore sequencing reveals insight into river microbe taxonomy and function: [incl. Erratum]

    Reddington, K., Eccles, D., O'Grady, J., Drown, D. M., Hansen, L. H., Nielsen, T. K., Ducluzeau, A-L., Leggett, R. M., Heavens, D., Peel, N., Snutch, T. P., Bayega, A., Oikonomopoulos, S., Ragoussis, J., Barry, T., van der Helm, E., Jolic, D., Richardson, H., Jansen, H., Tyson, J. R. & 2 flere, Jain, M. & Brown, B. L., 2020, I: GigaScience. 9, 6, 12 s., 053.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  29. Udgivet

    Potential Rhodopsin- and Bacteriochlorophyll-Based Dual Phototrophy in a High Arctic Glacier

    Zeng, Y., Chen, X., Madsen, A. M., Zervas, A., Nielsen, Tue Kjærgaard, Andrei, A., Lund-Hansen, L. C., Liu, Y. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: mBio. 11, 6, 22 s., e02641-20.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Releasing the microbes from old bones: the effect of different DNA extraction protocols on microbial community profiling

    Eriksen, A. M. H., Puetz, Lara Christine, Rocha, C., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: STAR: Science & Technology of Archaeological Research. 6, 1, s. 1-15 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. 2019
  32. Udgivet

    Complete Genome Sequences of Highly Arsenite-Resistant Bacteria Brevibacterium sp. Strain CS2 and Micrococcus luteus AS2

    Sher, S., Rehman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Nielsen, Tue Kjærgaard, 2019, I: Microbiology Resource Announcements. 8, 31, 2 s., e00531-19.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Expanding the biodiversity of Oenococcus oeni through comparative genomics of apple cider and kombucha strains

    Lorentzen, M. P., Campbell-Sills, H., Jorgensen, T. S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Coton, M., Coton, E., Hansen, L. & Lucas, P. M., 2019, I: BMC Genomics. 20, 330.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  34. 2018
  35. Udgivet

    Inter-laboratory testing of the effect of DNA blocking reagent G2 on DNA extraction from low-biomass clay samples

    Jacobsen, C. S., Nielsen, T. K., Vester, J. K., Stougaard, P., Nielsen, J. L., Voriskova, J., Winding, A., Baldrian, P., Liu, B., Frostegard, A., Pedersen, D., Tveit, A. T., Svenning, M. M., Tebbe, C. C., Ovreas, L., Jakobsen, P. B., Blazewicz, S. J., Hubablek, V., Bertilsson, S., Hansen, L. H. & 4 flere, Cary, S. C., Holben, W. E., Ekelund, Flemming & Bælum, J., 2018, I: Scientific Reports. 8, s. 1-6 6 s., 5711.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  36. Udgivet

    Mind the gut: genomic insights to population divergence and gut microbial composition of two marine keystone species

    Fietz, K., Hintze, C. O. R., Skovrind, Mikkel, Nielsen, Tue Kjærgaard, Limborg, Morten Tønsberg, Krag, M. A., Palsboll, P. J., Hansen, L. H., Møller, Peter Rask & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Microbiome. 6, 16 s., 82.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  37. Udgivet

    The Genome of BAM-degrading Aminobacter sp. MSH1 with Several Low Copy Plasmids

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Hylling, Ole & Ellegaard-Jensen, L., 2018, 12 s.

    Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

  38. 2017
  39. Udgivet

    Soil DNA extraction procedure influences protist 18S rRNA gene community profiling outcome

    Santos, S. S., Nunes, I. M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Jacquiod, S. J. A., Hansen, L. H. & Winding, A., jul. 2017, I: Protist. 168, 3, s. 283-293 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. Degradation of mecoprop in polluted landfill leachate and waste water in a moving bed biofilm reactor

    Escolà Casas, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Johansen, A. & Bester, K., 2017, I: Water Research. 121, s. 213-220

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  41. Evolution of Sphingomonad Gene Clusters Related to Pesticide Catabolism Revealed by Genome Sequence and Mobilomics of Sphingobium herbicidovorans MH

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Rasmussen, M., Demanèche, S., Cecillon, S., Vogel, T. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, I: Genome Biology and Evolution. 9, 9, s. 2477-2490

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. Udgivet

    The first characterized phage against a member of the ecologically important sphingomonads reveals high dissimilarity against all other known phages

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Carstens, A. B., Browne, P., Lametsch, Rene, Neve, H., Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, I: Scientific Reports. 7, 10 s., 13566.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  43. 2016
  44. Udgivet

    Use of WGS data for investigation of a long-term NDM-1-producing Citrobacter freundii outbreak and secondary in vivo spread of blaNDM-1 to Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca

    Hammerum, A. M., Hansen, F., Linde Nielsen, H., Jakobsen, L., Stegger, M., Andersen, P. S., Jensen, P., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, L. H., Hasman, H. & Fuglsang-Damgaard, D., nov. 2016, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 71, 11, s. 3117-3124 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  45. Udgivet

    Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida strains isolated from Chinese freshwater fish contain a novel genomic island and possible regional-specific mobile genetic elements profiles

    Long, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Leisner, Jørgen, Hansen, L. H., Shen, Z. X., Zhang, Q. Q. & Li, A., sep. 2016, I: F E M S Microbiology Letters. 363, 17, 8 s., 190.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  46. Establishment of Bacterial Herbicide Degraders in a Rapid Sand Filter for Bioremediation of Phenoxypropionate-Polluted Groundwater

    Feld, L., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg, Aamand, J. & Albers, C. N., 2016, I: Applied and Environmental Microbiology. 82, 3, s. 878-887

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. Udgivet

    Gasification biochar has limited effects on functional and structural diversity of soil microbial communities in a temperate agroecosystem

    Imparato, V., Hansen, Veronika, Santos, S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Giagnoni, L., Hauggaard-Nielsen, H., Johansen, A., Renella, G. & Winding, A., 2016, I: Soil Biology & Biochemistry. 99, s. 128-136 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. 2015

  49. Comparison of three DNA extraction methods for recovery of soil protist DNA

    Santos, S. S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, L. H. & Winding, A., 2015, I: Journal of Microbiological Methods. 115, s. 13-19 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. Draft Genome Sequence of Isoproturon-Mineralizing Sphingomonas sp. SRS2, Isolated from an Agricultural Field in the United Kingdom

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Sørensen, S. R. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Genome Announcements. 3, 3, 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  51. Udgivet

    Draft genome sequence of MCPA-degrading Sphingomonas sp. strain ERG5, isolated from a groundwater aquifer in Denmark

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Sørensen, S. R. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Genome Announcements. 3, 1, 2 s., e01529-14.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  52. 2013
  53. Udgivet

    Novel insight into the genetic context of the cadAB genes from a 4-chloro-2-methylphenoxyacetic acid-degrading Sphingomonas

    Nielsen, Tue Kjærgaard, Xu, Z., Gozdereliler, E., Aamand, J., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, S. R., 2013, I: P L o S One. 8, 12, 9 s., e83346.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

ID: 217134357