Tue Kjærgaard Nielsen
Tenure Track Adjunkt
Microbial Ecology and Biotechnology
Thorvaldsensvej 40
1871 Frederiksberg C
- 2023
- Udgivet
A novel Queuovirinae lineage of Pseudomonas aeruginosa phages encode dPreQ0 DNA modifications with a single GA motif that provide restriction and CRISPR Cas9 protection in vitro
Olsen, Nikoline S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Cui, L., Dedon, P., Neve, H., Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, 16, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Genome Sequence of Sphingopyxis sp. Strain PET50, a Potential Polyethylene Terephthalate (PET)-Degrading Bacterium Isolated from Compost
Lago-Maciel, A., Nielsen, Tue Kjærgaard, Jensen, K., Nicolaisen, Mette Haubjerg & Hennessy, Rosanna Catherine, 2023, I: Microbiology Resource Announcements. 12, 1, 2 s., e0097022.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Detection of nucleotide modifications in bacteria and bacteriophages: Strengths and limitations of current technologies and software
Nielsen, Tue Kjærgaard, Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold, Moineau, S., Hansen, Lars Hestbjerg & Riber, Leise, 2023, I: Molecular Ecology. 32, 6, s. 1236-1247 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft Genome Sequences of Phytase Active Endophytic and Epiphytic Erwinia gerundensis Isolated from Wheat (Triticum aestivum) Seeds
Sølve, Jonathan, Nielsen, Tue Kjærgaard, Nicolaisen, Mette Haubjerg & Bak, Frederik, 2023, I: Microbiology Resource Announcements. 12, 1, 3 s., e0107322.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Four novel Curtobacterium phages isolated from environmental samples
Alanin, K. W. S., Olsen, Nikoline S., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Nielsen, Tue Kjærgaard, Rothgardt, M. M., Russel, A. M., Wagner, N., Lametsch, Rene, Bak, Frederik, Hennessy, Rosanna Catherine, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Hansen, Lars Hestbjerg & Kot, Witold, 2023, I: Archives of Virology. 168, 3Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic rearrangements in Pseudomonas amygdali pathovar aesculi shape coronatine plasmids
Nielsen, Tue Kjærgaard, Winther-Have, Caroline Sophie W, Thomsen, Iben Margrete, Jackson, R. W., Rabiey, M., Hennessy, Rosanna Catherine, Bak, Frederik, Kot, Witold, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Carstens, Alexander Byth & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: Infection, Genetics and Evolution. 113, 10 s., 105486.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intestinal epigenotype of Atlantic salmon (Salmo salar) associates with tenacibaculosis and gut microbiota composition
Hansen, Søren Blikdal, Bozzi, D., Mak, Sarah Siu Tze, Clausen, C. G., Nielsen, Tue Kjærgaard, Kodama, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Gilbert, M Thomas P & Limborg, Morten Tønsberg, 2023, I: Genomics. 115, 3, 9 s., 110629.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Three novel Erwinia billingiae phages isolated from organic waste represent three new genera
Alanin, K. W. S., Olsen, Nikoline S., Djurhuus, Amaru Miranda, Carstens, Alexander Byth, Nielsen, Tue Kjærgaard, Wagner, N., Lametsch, Rene, Bak, Frederik, Hennessy, Rosanna Catherine, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: Archives of Virology. 168, 7 s., 71.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Widespread and largely unknown prophage activity, diversity, and function in two genera of wheat phyllosphere bacteria
Dougherty, Peter Erdmann, Nielsen, Tue Kjærgaard, Riber, Leise, Lading, H. H., Forero Junco, Laura Milena, Kot, Witold, Raaijmakers, J. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2023, I: ISME Journal. 17, 12, s. 2415-2425Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Antibiotic resistance genes are differentially mobilized according to resistance mechanism
Nielsen, Tue Kjærgaard, Browne, Patrick Denis & Hansen, Lars Hestbjerg, 2022, I: GigaScience. 11, 17 s., giac072.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Genome Sequence and Benzophenone-3 Mineralisation Potential of Rhodococcus sp. USK10, A Bacterium Isolated from Riverbank Sediment
Martin, J. D., Krüger, U. S., Zervas, A., Schostag, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Aamand, J., Hansen, Lars Hestbjerg & Ellegaard-Jensen, L., 2022, I: Applied Microbiology. 2, s. 104-112 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Muskoxen homogenise soil microbial communities and affect the abundance of methanogens and methanotrophs
Aggerbeck, M. R., Nielsen, Tue Kjærgaard, Mosbacher, J. B., Schmidt, N. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2022, I: Science of the Total Environment. 827, 9 s., 153877.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Bacillus cereus Strain EC9 Primes the Plant Immune System for Superior Biocontrol of Fusarium oxysporum
Madriz Ordenana, Kenneth, Pazarlar, S., Jørgensen, Hans Jørgen Lyngs, Nielsen, Tue Kjærgaard, Zhang, Y., Nielsen, K. L., Hansen, Lars Hestbjerg & Thordal-Christensen, Hans, 2022, I: Plants. 11, 5, 19 s., 687.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
A non-antifungal rhizobacterium stimulates plant immunity to protect tomato and Kalanchoe against Fusarium oxysporum and wheat against Zymoseptoria tritici
Madriz Ordenana, Kenneth, Pazarlar, Sercan, Jørgensen, Hans Jørgen Lyngs, Nielsen, Tue Kjærgaard, Nielsen, K. L., Zhang, Y. & Thordal-Christensen, Hans, 2021. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Complete Genome Sequence of Paenibacillus sp. Strain 37, a Plant Growth-Promoting Bacterium Isolated from the Rhizosphere of Abies nordmanniana (Nordmann Fir)
Garcia-Lemos, A. M., Hennessy, Rosanna Catherine, Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg & Nicolaisen, Mette Haubjerg, 2021, I: Microbiology Resource Announcements. 10, 8, 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Genome Sequence of a Novel Dyadobacter sp. Strain, NIV53, Isolated from 2-Meter Deep Subsurface Sediment
Bak, Frederik, Henriksen, Alexander Pil, Nielsen, Tue Kjærgaard & Nicolaisen, Mette Haubjerg, 2021, I: Microbiology resource announcements. 10, 44, 2 s., e0075421.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Genome Sequence of the Cytokinin-Producing Biocontrol Strain Pseudomonas fluorescens G20-18
Nielsen, Tue Kjærgaard, Mekureyaw, M. F., Hansen, Lars Hestbjerg, Nicolaisen, Mette Haubjerg, Roitsch, Thomas Georg & Hennessy, Rosanna Catherine, 2021, I: Microbiology Resource Announcements. 10, 30, 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metaviromes Reveal the Dynamics of Pseudomonas Host-Specific Phages Cultured and Uncultured by Plaque Assay
Alanin, K. W. S., Forero Junco, Laura Milena, Jørgensen, J. B., Nielsen, Tue Kjærgaard, Rasmussen, Morten Arendt, Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Viruses. 13, 6, 21 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The complete genome of 2,6-dichlorobenzamide (BAM) degrader Aminobacter sp. MSH1 suggests a polyploid chromosome, phylogenetic reassignment, and functions of plasmids
Nielsen, Tue Kjærgaard, Horemans, B., Lood, C., T’Syen, J., van Noort, V., Lavigne, R., Ellegaard-Jensen, L., Hylling, Ole, Aamand, J., Springael, D. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2021, I: Scientific Reports. 11, 12 s., 18943.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Bone biodeterioration - The effect of marine and terrestrial depositional environments on early diagenesis and bone bacterial community
Eriksen, A. M. H., Nielsen, Tue Kjærgaard, Matthiesen, H., Carøe, C., Hansen, Lars Hestbjerg, Gregory, D. J., Turner-Walker, G., Collins, Matthew James & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: PLoS ONE. 15, 10 October, 24 s., e0240512.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of preQ0 deazaguanine modifications in bacteriophage CAjan DNA using Nanopore sequencing reveals same hypermodification at two distinct DNA motifs
Kot, Witold, Olsen, Nikoline S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hutinet, G., de Crecy-Lagard, V., Cui, L., Dedon, P. C., Carstens, Alexander Byth, Moineau, S., Swairjo, M. A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: Nucleic Acids Symposium Series. 48, 18, s. 10383-10396 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GC bias affects genomic and metagenomic reconstructions, underrepresenting GC-poor organisms
Browne, Patrick Denis, Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Aggerholm, A., Gilbert, M Thomas P, Puetz, Lara Christine, Rasmussen, M., Zervas, A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: GigaScience. 9, 2, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Land use as a driver for protist community structure in soils under agricultural use across Europe
Santos, S. S., Schöler, A., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg, Schloter, M. & Winding, A., 2020, I: Science of the Total Environment. 717, 137228.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic analysis of planktonic riverine microbial consortia using nanopore sequencing reveals insight into river microbe taxonomy and function: [incl. Erratum]
Reddington, K., Eccles, D., O'Grady, J., Drown, D. M., Hansen, L. H., Nielsen, T. K., Ducluzeau, A-L., Leggett, R. M., Heavens, D., Peel, N., Snutch, T. P., Bayega, A., Oikonomopoulos, S., Ragoussis, J., Barry, T., van der Helm, E., Jolic, D., Richardson, H., Jansen, H., Tyson, J. R. & 2 flere, , 2020, I: GigaScience. 9, 6, 12 s., 053.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Potential Rhodopsin- and Bacteriochlorophyll-Based Dual Phototrophy in a High Arctic Glacier
Zeng, Y., Chen, X., Madsen, A. M., Zervas, A., Nielsen, Tue Kjærgaard, Andrei, A., Lund-Hansen, L. C., Liu, Y. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: mBio. 11, 6, 22 s., e02641-20.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Releasing the microbes from old bones: the effect of different DNA extraction protocols on microbial community profiling
Eriksen, A. M. H., Puetz, Lara Christine, Rocha, C., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: STAR: Science & Technology of Archaeological Research. 6, 1, s. 1-15 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Complete Genome Sequences of Highly Arsenite-Resistant Bacteria Brevibacterium sp. Strain CS2 and Micrococcus luteus AS2
Sher, S., Rehman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Nielsen, Tue Kjærgaard, 2019, I: Microbiology Resource Announcements. 8, 31, 2 s., e00531-19.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Expanding the biodiversity of Oenococcus oeni through comparative genomics of apple cider and kombucha strains
Lorentzen, M. P., Campbell-Sills, H., Jorgensen, T. S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Coton, M., Coton, E., Hansen, L. & Lucas, P. M., 2019, I: BMC Genomics. 20, 330.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Inter-laboratory testing of the effect of DNA blocking reagent G2 on DNA extraction from low-biomass clay samples
Jacobsen, C. S., Nielsen, T. K., Vester, J. K., Stougaard, P., Nielsen, J. L., Voriskova, J., Winding, A., Baldrian, P., Liu, B., Frostegard, A., Pedersen, D., Tveit, A. T., Svenning, M. M., Tebbe, C. C., Ovreas, L., Jakobsen, P. B., Blazewicz, S. J., Hubablek, V., Bertilsson, S., Hansen, L. H. & 4 flere, , 2018, I: Scientific Reports. 8, s. 1-6 6 s., 5711.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mind the gut: genomic insights to population divergence and gut microbial composition of two marine keystone species
Fietz, K., Hintze, C. O. R., Skovrind, Mikkel, Nielsen, Tue Kjærgaard, Limborg, Morten Tønsberg, Krag, M. A., Palsboll, P. J., Hansen, L. H., Møller, Peter Rask & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Microbiome. 6, 16 s., 82.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Genome of BAM-degrading Aminobacter sp. MSH1 with Several Low Copy Plasmids
Nielsen, Tue Kjærgaard, Hylling, Ole & Ellegaard-Jensen, L., 2018, 12 s.Publikation: Working paper › Preprint
- 2017
- Udgivet
Soil DNA extraction procedure influences protist 18S rRNA gene community profiling outcome
Santos, S. S., Nunes, I. M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Jacquiod, S. J. A., Hansen, L. H. & Winding, A., jul. 2017, I: Protist. 168, 3, s. 283-293 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Degradation of mecoprop in polluted landfill leachate and waste water in a moving bed biofilm reactor
Escolà Casas, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Johansen, A. & Bester, K., 2017, I: Water Research. 121, s. 213-220Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Evolution of Sphingomonad Gene Clusters Related to Pesticide Catabolism Revealed by Genome Sequence and Mobilomics of Sphingobium herbicidovorans MH
Nielsen, Tue Kjærgaard, Rasmussen, M., Demanèche, S., Cecillon, S., Vogel, T. M. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, I: Genome Biology and Evolution. 9, 9, s. 2477-2490Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The first characterized phage against a member of the ecologically important sphingomonads reveals high dissimilarity against all other known phages
Nielsen, Tue Kjærgaard, Carstens, A. B., Browne, P., Lametsch, Rene, Neve, H., Kot, Witold & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, I: Scientific Reports. 7, 10 s., 13566.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Use of WGS data for investigation of a long-term NDM-1-producing Citrobacter freundii outbreak and secondary in vivo spread of blaNDM-1 to Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca
Hammerum, A. M., Hansen, F., Linde Nielsen, H., Jakobsen, L., Stegger, M., Andersen, P. S., Jensen, P., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, L. H., Hasman, H. & Fuglsang-Damgaard, D., nov. 2016, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 71, 11, s. 3117-3124 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida strains isolated from Chinese freshwater fish contain a novel genomic island and possible regional-specific mobile genetic elements profiles
Long, M., Nielsen, Tue Kjærgaard, Leisner, Jørgen, Hansen, L. H., Shen, Z. X., Zhang, Q. Q. & Li, A., sep. 2016, I: F E M S Microbiology Letters. 363, 17, 8 s., 190.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Establishment of Bacterial Herbicide Degraders in a Rapid Sand Filter for Bioremediation of Phenoxypropionate-Polluted Groundwater
Feld, L., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg, Aamand, J. & Albers, C. N., 2016, I: Applied and Environmental Microbiology. 82, 3, s. 878-887Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gasification biochar has limited effects on functional and structural diversity of soil microbial communities in a temperate agroecosystem
Imparato, V., Hansen, Veronika, Santos, S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Giagnoni, L., Hauggaard-Nielsen, H., Johansen, A., Renella, G. & Winding, A., 2016, I: Soil Biology & Biochemistry. 99, s. 128-136 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
Comparison of three DNA extraction methods for recovery of soil protist DNA
Santos, S. S., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, L. H. & Winding, A., 2015, I: Journal of Microbiological Methods. 115, s. 13-19 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Draft Genome Sequence of Isoproturon-Mineralizing Sphingomonas sp. SRS2, Isolated from an Agricultural Field in the United Kingdom
Nielsen, Tue Kjærgaard, Sørensen, S. R. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Genome Announcements. 3, 3, 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequence of MCPA-degrading Sphingomonas sp. strain ERG5, isolated from a groundwater aquifer in Denmark
Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Sørensen, S. R. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Genome Announcements. 3, 1, 2 s., e01529-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
Novel insight into the genetic context of the cadAB genes from a 4-chloro-2-methylphenoxyacetic acid-degrading Sphingomonas
Nielsen, Tue Kjærgaard, Xu, Z., Gozdereliler, E., Aamand, J., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, S. R., 2013, I: P L o S One. 8, 12, 9 s., e83346.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 217134357
Flest downloads
-
208
downloads
Mind the gut: genomic insights to population divergence and gut microbial composition of two marine keystone species
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
200
downloads
Novel insight into the genetic context of the cadAB genes from a 4-chloro-2-methylphenoxyacetic acid-degrading Sphingomonas
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
189
downloads
Draft genome sequence of MCPA-degrading Sphingomonas sp. strain ERG5, isolated from a groundwater aquifer in Denmark
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet